A qualidade no ensino e em serviços de saúde tem rendido à Fundação do ABC inúmeras premiações e homenagens. As distinções não são importantes apenas pelo valor simbólico, mas porque reproduzem a preocupação permanente de FUABC e entidades mantidas em oferecer a melhor assistência à população, valorizar a excelência na formação de profissionais de saúde e andar de braços dados com a pesquisa científica.
Entre as homenagens públicas mais marcantes está o diploma Mérito da Saúde
outorgado em 2004 pela Assembléia Legislativa de São Paulo, reconhecendo os serviços prestados no Grande ABC pela FUABC e Hospital Estadual Mário Covas como hospital-referência. O diploma foi entregue em 4 de junho, Dia das Organizações Sociais de Saúde (OSS) instituído pela lei 11.622.
O reconhecimento pela atuação incondicional da FUABC sobre o tripé ensino-assistência-pesquisa pode ser medido pelos títulos de Entidade Benemérita 
concedidos pelas Câmaras de Vereadores de São Bernardo e São Caetano em sessões solenes em outubro de 2007, por ocasião da comemoração de quatro décadas de atividades da Fundação do ABC. Igual reconhecimento foi feito pela Câmara de Vereadores de Santo André em março de 2009.
Outro marco da dedicação à assistência em saúde está no troféu "Melhor dos Melhores" do
Prêmio Desempenho
conquistado pelo Projeto Bem-Viver de atenção ao idoso, desenvolvido em Santo André pelo curso de Enfermagem da Faculdade de Medicina do ABC. Depois de contemplado pela Universidade Mackenzie e Instituto Brasileiro de Cidadania com o Prêmio Cidadania Sem Fronteiras
em 2007, o Bem-Viver foi eleito "Melhor dos Melhores" pela revista LivreMercado--Diário do Grande ABC, que distinguem anualmente ações sociais, culturais e empresariais da região. FUABC-FMABC também ficaram entre os "Melhores do Ano" pelos serviços de saúde mental que prestam no CAPS São Bernardo em parceria com a Prefeitura.
O Bem-Viver foi criado em 2001 para promover a saúde e melhorar a qualidade de vida da terceira idade com ações inclusive de inserção social. Os idosos são atendidos no Centro de Saúde-Escola do Parque Capuava com consultas no Ambulatório de Enfermagem Geriátrica, visitas domiciliares de Agentes Comunitários e atividades físicas em parceria com os centros esportivos Santo Alberto e Petroquímica União.
Servir à população mais necessitada, sobretudo usuários SUS (Sistema Único de Saúde), é ação que pauta FUABC-FMABC desde as origens. Foi com base nessa filosofia quem em 2007 a FUABC foi contemplada com o Prêmio Capella Áurea
pelo Instituto Capella Áurea e Jornal ABCRepórter, que elegem instituições e profissionais dedicados a causas sociais. A trajetória de 40 anos da Fundação do ABC comemorada em 2007 também rendeu-lhe o 1º lugar no Prêmio Conass
de Jornalismo, promovido pelo Conselho Nacional de Secretários de Saúde. Essa instância reúne todos os representantes estaduais e o mérito da homenagem foi destacar grandes ações em favor da saúde pública. A reportagem da revista LivreMercado concorreu com mais de 100 inscrições de todo Brasil e venceu na categoria revista ao lado de finalistas como Jornal Nacional (TV Globo), Universidade Federal de Minas Gerais (rádio), Pernambuco.com (internet) e Hoje em Dia (jornal impresso).
Braço de ensino que irradia a missão de educação-assistência e pesquisa da FUABC, a Faculdade de Medicina do ABC foi eleita pelo segundo ano consecutivo entre "Os Mais Admirados do Brasil"
no ranking da Análise Editorial. Figura com ambulatórios e professores nos anuários de Saúde dos "Mais Admirados" de 2008 e 2009. A FMABC também conquistou 3 estrelas no Guia do Estudante
da Editora Abril.
Referência em neonatologia em São Bernardo, o HMU (Hospital Municipal Universitário) recebeu em 2008 o Prêmio Prof. Abrahão Berezin pelo melhor trabalho científico na categoria, em estudo com recém-nascidos abaixo de 1,5 kg que utilizaram o Banco de Leite Humano do hospital. O HMU foi premiado no XV Encontro Internacional de Neonatologia da Santa Casa de São Paulo e disputou com 15 concorrentes. O trabalho mostrou a preocupação com a nutrição de prematuros extremos, que têm baixa capacidade gástrica e condições clínicas que não contribuem para uma alimentação adequada. O Banco de Leite Humano dosou proteínas, gordura e valor calórico de cada amostra de leite doado para adequar à tolerância de cada bebê.
Um dos trabalhos destacados do HMU, aliás, é o incentivo ao aleitamento materno e diversos cuidados com o recém-nascido, como os testes "da orelhinha", do pezinho e dos olhos, além da expedição do certificado de nascimento dentro do hospital. Essas iniciativas renderam à instituição, em 2000, o prêmio Experiências Exitosas em Saúde do Conass (Conselho Nacional de Secretários de Saúde). O HMU também foi pioneiro no Grande ABC como Hospital Amigo da Criança.
O título foi outorgado em 2002 pela Unicef-OMS (Fundo das Nações Unidas para a Infância e Juventude - Organização Mundial da Saúde) pelo cumprimento dos 10 requisitos fixados para ações de incentivo ao aleitamento materno, entre os quais a prática do alojamento conjunto 24 horas por dia, auxiliar as mães na amamentação na primeira hora após o parto e não permitir uso de bicos artificias (chupetas e mamadeiras). Também o Hospital Estadual Mário Covas marcou feito inédito ao ser o primeiro centro médico a receber em Santo André, em 2003, o título de Hospital Amigo da Criança, uma aspiração do HEMC desde a inauguração do Departamento Materno-Infantil, em 2002.
Um dos certificados mais importantes, que expressa com fidelidade a preocupação com bom atendimento, respeito ao paciente e valorização dos recursos humanos, é o CQH
(Programa de Controle de Qualidade do Atendimento Médico-Hospitalar), vinculado à Associação Paulista de Medicina e Cremesp (Conselho Regional de Medicina). Foi conquistado em 2006 pelo Hospital Estadual Mário Covas e desde então vem sendo revalidado.
Também é do "Mário Covas" importante homenagem às ações que a Fundação do ABC desenvolve em favor da comunidade. O HEMC obteve 1º lugar na categoria "Atendimento ao Cliente" do
Prêmio Idéia Saudável
, iniciativa da Secretaria de Estado da Saúde que reconhece e apóia projetos inovadores em benefício da população, como ampliação no atendimento, melhoria na qualidade da assistência e melhor aproveitamento do dinheiro público. Entre os 44 trabalhos inscritos na categoria em 2007, o HEMC se destacou com "Comunicação Inclusiva: Humanização no Atendimento aos Deficientes Surdos e aos Deficientes Visuais", criado e desenvolvido pela intérprete e transcritora braile do hospital, Flávia Acciarito Piaia. O Mário Covas passou a oferecer aos deficientes visuais informativos da instituição transcritos em braile (referentes a exames, procedimentos médicos e demais comunicados de interesse dos usuários), além de dar atendimento ao deficiente auditivo com a Linguagem dos Sinais, prestando ao paciente e à família esclarecimentos sobre a vida e cultura do surdo-mudo para melhorar o relacionamento médico-hospitalar.
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